洪水ハザードマップで、浸水深(0.5m、1.0m等）に基づき、色分けをしていますが、これはどこからの高さなのでしょうか。

これは、標高0mからの高さではなく、その場所の地面からの高さ（深さ）です。ただし、この地面自体の高さは、５ｍメッシュの標高データを用いていますので、実際とは、多少の誤差が出ると考えてください。