精密検査

主に肉眼等の検査によると畜検査だけで判断が難しい場合は、精密検査（微生物検査、病理検査、理化学検査）を行って、総合的に判断します。

微生物検査

と畜検査で細菌性の疾患が疑われた場合、診断のため、菌分離、同定を行います。
また、市内の食鳥処理場で処理された食鳥肉の細菌検査や、市内を流通する牛・豚肉の細菌検査を行っています。

病理検査

と畜検査において肉眼では診断しにくい疾病について、顕微鏡などを用いて検査します。白血病、全身性腫瘍、豚の抗酸菌症などの全身性の疾病が疑われる場合は、病理組織検査を行い、食肉として市場に流通しないようにしています。
なお、そのような疾病に関する情報や検査結果について、生産者にフィードバックを行っています。

理化学検査

と畜場法に基づき黄疸、尿毒症、水腫、中毒などが疑われる場合精密検査を行い、結果を肉眼検査と合わせて総合診断を行っています。
また、食品衛生法に基づき食肉、食鳥肉中における抗生物質、動物用医薬品などの残留の有無の検査を行っています。